Lembaga Penjamin Mutu (LPM) STAI Miftahul Ulum (STAI-MU) berperan dalam penjaminan mutu pendidikan dan pembelajaran, penelitian, pengabdian masyarakat, serta sistem informasi dan sistem pendukung di lingkup STAI-MU. LPM juga melakukan Audit Mutu Internal terhadap program Studi dalam upaya penjaminan mutu dimaksud sebagaimana dinyatakan dalam STATUTA STAI-MU Pasal 31. Penjaminann mutu internal dilaksanakan secara tersistem dalam kerangka Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI).
Manajemen SPMI diupayakan untuk mendorong perbaikan dan peningkatan mutu secara berkelanjutan adalah dengan menerapkan setiap standar mutu dengan mengikuti tahapan Penetapan, Pelaksanaan, Evaluasi, Pengedalian, dan Peningkatan (PPEPP).